ドキュメントをタイプセットすると、「.aux」 「.log」 「.bbl」などの拡張子が付いた補助的なファイルが生成されます。こうしたファイルはときどき、おかしくなったり、予期せぬタイプセット・エラーを招いたりすることがあります。TeXShop には「作業ファイルを削除」というメニューコマンドがあり、こうしたファイルをすべて取り除けるので、ひきつづきタイプセットを行なうことができます。同様な名前のボタンがコンソールウインドウにもあります。このいずれかを実行すると、現在のソースがあるディレクトリ内にあり、ソースファイルと名前が同じで、拡張子が aux ・ blg ・ brf ・ ccs ・ ent ・ fff ・ glo ・ idx ・ idv ・ ilg ・ ind ・ ioa ・ lg ・ log ・ lot ・ mtc ・ mlf ・ out ・ pdfsync ・ toc ・ ttt ・ wrm ・ xref ・ 4ct ・ 4tc となっているファイルがすべてゴミ箱へと移動されます。

このリストに拡張子を追加することもできます。「dvi」を加えるには、ターミナルを実行し、以下のようにタイプします──

  `defaults write TeXShop OtherTrashExtensions -array-add "dvi"`

追加した分を取り除いて元々のデフォルトのリストに戻すには、次のようにタイプします──

  `defaults write TeXShop OtherTrashExtensions -array`

時として、さらに徹底したクリーンナップが必要になることがあります。たとえば、main.tex で「本」を管理しており、各章がサブフォルダ内にあって \include{chapter1/chapter1} のようなコマンドでアクセスしている場合、「本」をタイプセットすると、メインのフォルダ内には main.aux ・ main.pdfsync ・ main.log が生成され、chapter1 フォルダには chapter1.aux が生成されます。

これに応じた徹底的なクリーンナップは、オプションキーを押しながら「作業ファイルを削除」を選択することで実行できます。これを行なうと：

- `%!TEX root` とルートファイルの情報が、ルート文書とそのフォルダを探し当てるのに使われます
- このフォルダまたはいずれかのサブフォルダ内にあり、該当する拡張子の付いたファイルはすべて、ファイル名の如何によらずゴミ箱に移されます

「作業ファイルを削除」の動作を、オプションキーを押すことなく上記のようにする方法もあります：

  `defaults write TeXShop AggressiveTrashAUX YES`

上級向けのヘルプ
作業ファイルを削除する