Es werden oft große Dateien in mehrere kleine zerlegt, und diese kleineren Dateien werden von einer großen Hauptdatei kontrolliert. Als Beispiel könnte die Hauptdatei eines Buches folgende Form haben:

  `\documentclass[11pt]{book}`
  `\includeonly{Kapitel2/zwei.tex}`
  `\textwidth = 6.5 in`
  `\textheight = 9 in`
  `\begin{document}`
  `\include{Kapitel1/eins.tex}`
  `\include{Kapitel2/zwei.tex}`
  `\include{Kapitel3/drei.tex}`
  `\end{document}`

Diese Hauptdatei beinhaltet Formatierungsbefehle für das ganze Projekt. Der Inhalt jedoch steht in den Dateien eins.tex, zwei.tex und drei.tex. Die zweite Zeile weist TeX an nur das zweite Kapitel zu setzen. So kann man das Setzen beschleunigen, wenn man gerade am zweiten Kapitel arbeitet. Soll das ganze Buch gesetzt werden, können Sie diese Zeile auskommentieren.

Während Sie an Kapitel 2 schreiben, habe Sie natürlich auch die Datei zwei.tex in TeXShop geöffnet. Nachdem Änderungen hieran jedoch gespeichert wurden, sollten Sie die Hauptdatei setzen und nicht die Datei zwei.tex. Sie können die Hauptdatei auf zwei Arten festlegen. Zum einen indem Sie in der ersten Zeile eines jeden Kapitels folgenden Befehl einfügen:

  `%SourceDoc ../Haupt.tex`

Zum anderen können Sie den Befehl „Hauptdatei festlegen...“ benutzen. Dieser Menübefehl öffnet einen Dialog mit einem Textfeld, in der Sie den Namen der Hauptdatei angeben können.

Ist die Hauptdatei in dem selben Ordner wie die die Eingabedatei, genügt es den Namen der Hauptdatei, einschließlich der Dateiendung „.tex“ anzugben. Heißt die Hauptdatei zum Beispiel Haupt, geben Sie im Textfeld Haupt.tex ein.

Befindet sich die Hauptdatei in einem anderen Ordner, können Sie den Namen relativ zur Position der Eingabedateien angeben. Im obigen Beispiel sind die einzelnen Kapitel in Unterverzeichnissen zum Ordner mit der Hauptdatei abgelegt. Sie könnten nun den Pfad zur Hauptdatei mit ../Haupt.tex im Dialogfenster realtiv zur Position der Eingabedateien festlegen.

Schließlich kann der Dateiname der Hauptdatei auch absolut in der Form /Users/ich/Haupt.tex eingegeben werden.

Ist das ganze Projekt in einer Datei abgelegt, muss keine Hauptdatei festgelegt werden.

TeXShop speichert die Information über die Hauptdatei in einer Datei, die den selben Namen trägt wie die Eingabedatei und die Endung .texshop hat. So hieße die Datei für den Fall von zwei.tex, zwei.texshop. Diese Datei würde im gleichen Ordner wie zwei.tex erzeugt. Sollte die Datei zwei.texshop später einmal gelöscht werden, wird TeXShop wieder zwei.tex alleine setzen anstelle von Haupt.tex. Die .texshop-Datei wird nicht benötigt, wenn Sie SourceDoc in Ihr Dokument eingefügt haben.

Wenn Sie eine Hauptdatei festgelegt haben, so kann mit „Befehl-1“ zum jeweils zum aktiven Quelltext gehörenden Vorschau-Fenster gewechselt werden. Betätigen Sie „Befehl-1“ ein zweites Mal, so kehren Sie wieder zum Quelltext zurück. Da ein Vorschaufenster zu mehreren Quelltexten gehören kann, wird jeweils das Fenster wieder aufgerufen, aus dem Sie zuvor das Vorschau-Fenster aufgerufen haben. Haben Sie „Befehl-1“ vorher nicht ausgeführt, so wird zum Quelltext der Hauptdatei zurückgekehrt.

Erweitert
Die Hauptdatei des Projekts festlegen