Einige Dinge können über den Menüpunkt „Einstellungen“ festgelegt werden: Die Standardschrift für das Eingabefenster, die Standardvergrößerung des Anzeigefensters sowie die Standardposition der Fenster, wenn sie zum ersten Mal erscheinen. Das Quelltextfenster kann darüber hinaus so eingestellt werden, dass ein Klick in dieses das Fenster nur aktiviert, oder auch den Cursors an die angeklickte Stelle setzt.

Der Dialog Einstellungen kann auch dazu verwendet werden um festzulegen, welche Befehle ausgeführt werden wenn die „TeX“- und „Latex“-Knöpfe gedrückt werden. Diese Möglichkeit ist für manche, die die Programme etex oder elatex und pdfetex oder pdfelatex anstelle von tex und latex, respektive pdftex oder pdflatex verwenden möchten sinnvoll. Selbstverständlich müssen alternative Programme pdf-Dateien erzeugen. Befinden sich die Programme im teTeX Binary-Verzeichnis, genügt es, den Namen einzugeben. Liegen sie woanders, sollte der absolute Pfad angegeben werden.

Das Editieren in TeXShop erfolgt mittels der Apple's Cocoa editing class, welche intern Unicode nutzt. Wenn TeXShop Dateien auf die Festplatte geschrieben werden, werden sie in 8bit ASCII konvertiert, da TeX eine solche Datei voraussetzt. Es gibt verschiedene Arten, diese Konvertierung durchzuführen: Mac OS Roman, Iso Latin 1, Iso Latin 2 und andere. Ein Punkt in den Einstellungen legt die benutzte Konvertierung fest. Für viele Benutzer wird die Auswahl keinen Unterschied machen. Einige TeX-Pakete erlauben es, europäische Sonderzeichen direkt auf der Tastatur zu belegen. Dafür wird das Iso Latin Paket benötigt. Dank an Martin Heusse für diese Funktion. Die Konvertierungsmethode kann ebenfalls direkt in den Öffnen- und Speicherndialogen festgelegt werden

Für Japan und Korea werden besondere Einstellungen unterstützt.

Die Hintergrundfarbe des Quelltext-Fensters kann zurückgesetzt werden. Es gibt keine Option in den Einstellungen um dies zu tun. Um den Hintergrund auf die Farbwerte (r, g, b) = (.42, .39, .77) zu setzen, führen Sie folgenden Befehl im Terminal-Fenster aus:

  defaults write TeXShop background_R 0.42
  defaults write TeXShop background_G 0.39
  defaults write TeXShop background_B 0.77

Sie können auch die Textfarbe des Quelltext-Fensters ändern. Diese Einstellung wird jedoch nur beachtet, wenn Sie die Syntaxfärbung eingeschaltet haben. Um die Textfarbe auf (r, g, b) = (.42, .39, .77) zu setzen, geben Sie folgende Befehle im Terminal ein:

  defaults write TeXShop foreground_R 0.42
  defaults write TeXShop foreground_G 0.39
  defaults write TeXShop foreground_B 0.77

Die Farbe des Einsetzpunktes im Quelltextfenster kann geändert werden. Um den Einsetzpunkt auf die Farbe (r, g, b) = (.42, .39, .77) zu setzen, geben Sie folgendes im Terminal ein:

  defaults write TeXShop insertionpoint_R 0.42
  defaults write TeXShop insertionpoint_G 0.39
  defaults write TeXShop insertionpoint_B 0.77

Wenn Sie die letzten Einstellungen kombinieren, können Sie weißen Text auf schwarzem Hintergrund, oder andere Farbschemata festlegen.

Mit Hilfe einer versteckten Einstellung können Sie auch die Tranzparenz von Quelltext-, Vorschau- und Konsolen-Fenster ändern:

  defaults write TeXShop ConsoleWindowAlpha 0.75
  defaults write TeXShop SourceWindowAlpha 0.75
  defaults write TeXShop PreviewWindowAlpha 0.75

Ein Alphawert von 0.00 bedeutet hier vollständige Transparenz und 1.00 vollständig deckend. Sie sollten diese Einstellung nur mit Bedacht verändern!

Mit Hilfe eines Auswahlmenüs unten in den Einstellungen können die Einstellungen auf Ihre Standardwerte zurück gesetzt werden. Dies ist vor allem in Japan sinnvoll, da hier verschiedene Versionen von pTeX benutzt werden.

Grundlagen
Einstellungen ändern